从基因数据库到疾病关联检索：Human_Genes_Functions Stage 6C 的开发、纠错与部署实践
一、项目背景 Human_Genes_Functions 是一个面向人类基因信息检索的本地科研数据库项目。 项目的核心目标不是简单保存一份基因列表，而是建立一个可以持续扩展、能够追溯数据来源、支持命令行与网页查询、并且可以重复构建和部署的本地知识系统。 项目基础数据主要包括： 项目采用 SQLite 作为主要数据库载体，并逐步建立了全文检索、基因详情查询、疾病本体查询、双向基因—疾病关系查询以及网页端展示能力。 二、系统架构与主机职责 整个项目运行在三台职责不同的主机上。为避免暴露真实环境，以下使用脱敏名称： 1. 开发主机 开发主机保存项目的正式 Git 仓库，例如： 所有正式开发工作均应在此完成，包括： 开发主机是项目的唯一正式开发源。 2. AI 代理主机 AI 代理主机运行自动化代理和任务调度系统。 该主机可以： 但它不应保存正式项目副本，也不应在自己的空项目目录中生成 Human_Genes_Functions 文件。 3. Web 部署主机 部署主机运行 Apache、PHP 和正式 Web 应用。 正式网站目录采用类似结构： 其中： 部署主机只作为运行环境，不作为主要开发位置。 三、Stage 6A：建立 Mondo 疾病本体层 在 Stage 6A 中，项目加入了 Mondo 疾病本体数据。 这一阶段的目标是建立统一的疾病标识层，使疾病可以通过以下形式被识别： 疾病本体层为后续 ClinVar …